Die Arbeitsgruppen sind das Kernstück der Arbeit des BMC. Hier wird der Verband zum Think Tank, zum Ideengeber für das Gesundheitswesen. Die Arbeitsgruppen entwickeln über die sonst so engen Grenzen der eigenen Interessenvertretung hinweg Strategien und Konzepte für die Gesundheitsversorgung der Zukunft. Der BMC zeigt hier am deutlichsten Profil. Nicht als Lobbyist der einzelnen Gesundheitsakteure, sondern als Lobbyist für Gesundheitsthemen.